Målen gäller mervärdesskatt vid omsättning av byggherre- och entreprenadtjänster i samband med uppförande av flerbostadshus. Ett antal bostadsrättsföreningar förvärvade byggherre- och entreprenadtjänster respektive mark för byggande av bostadsrättslägenheter från olika företag inom samma koncern. Ett koncernbolag har alltså utfört byggherre- och entreprenadtjänsterna medan ett annat koncernbolag har sålt fastigheter till föreningarna.
Omsättning av byggherre- och entreprenadtjänster är mervärdesskattepliktig medan omsättning av fastigheter är undantagen från skatt. Bostadsrättsföreningar saknar avdragsrätt för ingående mervärdesskatt vilket får till följd att ju större del av den sammanlagda ersättningen som avser de skattepliktiga tjänsterna desto större blir den icke avdragsgilla skatten.
Det underlag som skatten tas ut på (beskattningsunderlaget) ska beräknas utifrån den ersättning som säljaren erhållit eller ska erhålla. Undantagsvis kan detta beskattningsunderlag omvärderas och höjas med den effekten att skatten istället tas ut på marknadsvärdet. Omvärderingen förutsätter att säljare och köpare är förbundna med varandra, att köparen inte har full avdragsrätt samt att ersättningen är lägre än marknadsvärdet. Detta framgår av 7 kap. 3 a § mervärdesskattelagen (1994:200). Vad som anses med marknadsvärde definieras i 1 kap. 9 § mervärdesskattelagen. Enligt den definitionen avses hela det belopp som köparen av en tjänst, i samma försäljningsled och vid samma tidpunkt, i fri konkurrens skulle få betala till en oberoende säljare inom landet för en sådan tjänst. Om ingen jämförbar omsättning av tjänster kan fastställas utgörs marknadsvärdet av säljarens självkostnad.
I målen är det ostridigt att den sammanlagda ersättning som respektive förening har betalat för marken och för tjänsterna är marknadsmässig samt att ersättningen för tjänsterna inte understiger självkostnaden. Skatteverket ansåg emellertid att den totala ersättningen snedfördelats på det sättet att priset för tjänsterna satts för lågt och understeg marknadsvärdet. Även övriga förutsättningar för att beräkna beskattningsunderlaget med utgångspunkt i marknadsvärdet bedömdes vara uppfyllda. Myndigheten höjde därför den utgående mervärdesskatten.
Som motivering till att ersättningen för tjänsterna skulle anses understiga marknadsvärdet angav Skatteverket att värdeökningen på respektive fastighet var orimlig. Komplexiteten i byggherre- och entreprenadtjänsterna innebär att det i praktiken är omöjligt för Skatteverket att fastställa en jämförbar omsättning. Det är enklare att beräkna marknadsvärdet för marken än tjänsterna. Marknadsvärdet för tjänsterna ska därför vara det totala priset minskat med marknadsvärdet för marken.
Högsta förvaltningsdomstolen konstaterade att mervärdesskattelagens definition av begreppet marknadsvärde gäller även vid tillämpning av omvärderingsreglerna. Av detta följer att en förutsättning för att omvärdera beskattningsunderlaget är att en jämförbar omsättning kan fastställas. Skatteverket har angett att myndigheten inte kan fastställa en jämförbar omsättning för de i målen aktuella byggherre- och entreprenadtjänsterna. Det har därmed inte visats att den ersättning som har erhållits från respektive förening för byggherre- och entreprenadtjänsterna är lägre än marknadsvärdet. Högsta förvaltningsdomstolen avslog därför Skatteverkets överklagande.