Miljöprövningsdelegationen vid Länsstyrelsen i Västra Götalands län beslutade att ge Försvarsmakten tillstånd enligt 7 kap. 28 a § och 9 kap. miljöbalken till flygplatsverksamhet vid Karlsborgs flygplats. Tillståndet omfattade ett antal flygrörelser per kalenderår dels med militär flygverksamhet fördelat på olika luftfarkoster, dels med övrig flygverksamhet fördelat på olika luftfarkoster samt trupplyft och nödträningsvarv med helikopter. Tillståndet förenades med 13 villkor, bl.a. avseende buller, fladdermöss, kemikalier och avfall. Tillsynsmyndigheten gavs en rätt att besluta om ytterligare villkor och en prövotid beslutades för vissa frågor. Utredningstiden bestämdes till två år efter tillståndet tagits i anspråk. Tillståndet fick tas i anspråk först när det fått laga kraft och verksamheten skulle ha satts igång senast ett år efter att beslutet fått laga kraft.
I beslutet angav miljöprövningsdelegationen att den ansökta verksamheten har en betydande påverkan på människors hälsa och miljön och att den mest uppenbara påverkan är buller. Det måste tas hänsyn till konkurrerade anspråk på riksintresse, fladdermuskolonin på det närliggande Natura 2000-området Karlsborgs fästning och förutsättningarna för att följa miljökvalitetsnormerna för vatten avseende PFAS.
Miljöprövningsdelegationens beslut överklagades till Mark- och miljödomstolen vid Vänersborgs tingsrätt som med eget yttrande överlämnade målet till regeringen för prövning. Regeringen beslutade att ändra två av villkoren samt beslutade att verksamheten skulle ha satts igång senast tre år efter regeringens beslut. I övrigt gjorde regeringen inga ändringar av miljöprövningsdelegationens beslut.
I beslutet angav regeringen att samrådet genomförts på ett godtagbart sätt och att miljökonsekvensbeskrivningen var tillräcklig för att ligga till grund för regeringens prövning. Regeringen ansåg att den ansökta verksamheten kan genomföras utan att möjligheten att uppnå miljökvalitetsnormer för vatten äventyras under förutsättning att de skyddsåtgärder vidtas som framgår av miljöprövningsdelegationens beslut. Vidare angav regeringen att det finns anledning att ställa höga krav inte bara på skyddsåtgärder utan även på fortsatta utredningar kopplat till mark- och vattenhanteringen på flygplatsen och att i princip kan inga ytterligare utsläpp av PFOS tillåtas i Bottensjön. Den reningsanläggning som projekterats har till syfte att minska spridningen av framför allt PFAS till vattenförekomsterna. Det som hade anförts om Natura 2000 och skyddade arter medförde inte skäl att ändra det överklagade beslutet.
Aktion Rädda Vättern samt ett antal enskilda ansökte om rättsprövning av regeringens beslut och yrkade att det skulle upphävas. Till stöd för sin ansökan anförde de bl.a. att miljökonsekvensbeskrivningen inte uppfyller lagens krav, att beslutet strider mot icke-försämringskravet i 5 kap. 4 § miljöbalken och vattendirektivet (direktiv 2000/60/EG om upprättande av en ram för gemenskapens åtgärder på vattenpolitikens område), att ingen hänsyn tagits till regelverket rörande Natura 2000 och att det sker en försämring av bullervillkor vilket påverkar miljön och människor och strider mot de allmänna hänsynsreglerna i miljöbalken.
Högsta förvaltningsdomstolen gör bedömningen att samrådet som genomförts gjorts enligt bestämmelserna i miljöbalken och det har inte krävts ett förnyat samråd med anledning av att handläggningen dragit ut på tiden. Vidare anser domstolen att miljökonsekvensbeskrivningen innehåller de delar som uppställs i miljöbalken och att även kumulativa aspekter är beaktade i den.
Beträffande frågan om Natura 2000-prövningen gör Högsta förvaltningsdomstolen följande bedömning. Vid avgränsningen av vilka områden som ska tillståndsprövas ska det göras en bedömning av om verksamheten har en betydande påverkan på miljön i områdena. I den delen anser domstolen att regeringens ställningstagande ligger inom det handlingsutrymme som bestämmelserna medger. Miljöprövningsdelegationen har i sitt beslut bl.a. uppställt villkor kring att påverkan från ljus och ljud ska minimeras för att inte störa den fladdermusart som enligt Natura 2000-regelverket ska bevaras.
Högsta förvaltningsdomstolen gör bedömningen att de villkor och skyddsåtgärder som uppställs i miljöprövningsdelegationens beslut gör att regeringens bedömning får anses ligga inom det handlingsutrymme som bestämmelserna medger.
Vad gäller om beslutet strider mot de allmänna hänsynsreglerna i miljöbalken gör Högsta förvaltningsdomstolen följande överväganden. I det klandrade beslutet har det föreskrivits villkor för att reglera de bullerstörningar som följer av den utökade flygplatsverksamheten. De villkor som föreskrivs om bl.a. bullerbegränsade åtgärder är i linje med vad som gäller för andra jämförbara flygplatser som har flygverksamhet. Hänsynsreglerna är allmänt hållna och tillämpningen av dem ger ett förhållandevis stort utrymme för bedömning. Regeringens beslut kan inte anses strida mot någon rättsregel i den delen.
Vid bedömningen av om regeringens beslut strider mot icke-försämringskravet i miljöbalken och vattendirektivet konstaterar Högsta förvaltningsdomstolen följande. Verksamheten som det beslutats om innebär att åtgärder komma att vidtas för att hantera föroreningssituationen inom flygplatsområdet. Det har inte kommit fram tillräckliga skäl för att ifrågasätta de uppgifter som Försvarsmakten lämnat om föroreningssituationen och konsekvenserna av den planerade verksamheten på grundvatten och ytvatten samt planerade skyddsåtgärder. Högsta förvaltningsdomstolen anser att reglerna om icke-försämringskravet innebär högt ställda krav på verksamheter som kan påverka miljökvalitetsnormerna för vatten. Det har konstaterats att PFAS finns inom området och att flygplatsverksamheten historiskt sett varit en bidragande orsak till de höga halter som nu uppmäts i vattenförekomsterna. Den aktuella verksamheten som det nu ges tillstånd till kan i sig inte anses äventyra möjligheten att uppnå de miljökvalitetsnormer som föreskrivits för Bottensjön och Vättern. Regeringens beslut står därmed inte i strid med bestämmelserna i miljöbalken och vattendirektivet på det vis sökandena angett eller som klart framgår av omständigheterna.
Vad sökandena anfört i övrigt har inte heller ansetts utgöra grund för att beslutet ska upphävas.
Högsta förvaltningsdomstolen har därmed funnit att regeringens beslut inte strider mot någon rättsregel och att regeringens beslut därför ska stå fast.